Para obtener miel ecológica certificada los apicultores, deben adaptarse a la normativa vigente que no permite ninguna de las prácticas utilizadas en la producción convencional. La distribución de colmenas bajo certificación orgánica exige un entorno en zonas de alta montaña, zonas silvestres o alejadas de  cultivos extensivos. La alimentación de las abejas es de su propia cosecha de miel y polen. Para tratar enfermedades se utilizan productos que no dejan residuos en la miel. El envasado de la miel es procesado en frío con el fin de que no se pierdan sus excelentes propiedades.

Miel de producción convencional

La mayor parte de la producción de miel convencional contiene trazas de productos químicos como antibióticos, piretroides, derivados de la tiazolidina etc. Estos productos se emplean en combatir las enfermedades de las abejas causadas principalmente por las técnicas para forzar a las abejas a producir más miel y más barata, alimentándolas con jarabes, glucosa, sacarosa invertida, colorantes y saborizantes.
Otra de las posibles fuentes de contaminación de la miel es la que se produce por la ubicación de las colmenas. Generalmente se instalan en zonas de cultivo extensivo donde las flores han sido tratadas con pesticidas y herbicidas para evitar las plagas.
Las contaminaciones de la miel se producen por malas prácticas y por manipulaciones erróneas, encaminadas a conseguir una mayor producción.

Tratamiento de la miel ecológica

Las abejas son insectos fármaco-dependientes, por causa de la varroasis, enfermedad causada por el parásito varroa. Todos los apicultores (ganaderos con explotación legalmente registrada) están obligados a realizar un tratamiento contra la varroa. Las autoridades sanitarias hacen un seguimiento anual para verificar la aplicación de fármacos en las colmenas.

El apicultor tratará de evitar la presencia de residuos de los acaricidas y antibióticos en la miel y el polen, por ello usará estos fármacos después de la recolección de miel. También puede utilizar fármacos ecológicos autorizados por las agencias sanitarias. Estos fármacos no dejan residuos y están basados en principios activos vegetales.

Por otro lado el calentamiento excesivo de la miel devalúa un producto natural que tiene un elevado valor como alimento funcional.

La miel es pegajosa y por ello de complicada manipulación. Cuando los apicultores o envasadores calientan las salas de extracción, los utensilios, depósitos, conductos de trasiego, etc. puede producir la destrucción de las vitaminas y enzimas que contienen la miel.

Más drástica es aún la pérdida de las cualidades beneficiosas de la miel cuando ésta es pasteurizada a altas temperaturas para evitar que se cristalice. El consumidor, cuando acude a realizar sus compras, rechaza la miel cristalizada y elige otras líquidas de la misma estantería.

Otra técnica en la que puede usarse calor elevado es cuando los depósitos de miel quedan cristalizados, en tal caso, para envasar la miel en los tarros es necesario proceder con una batidora (no dañina pues no aplica calor) o con resistencias de calentamiento de bidones u ollas.

Otros productos de la colmena que deben garantizar calidad son el propóleo, el polen y la jalea real.

Hay que considerar también el interés y valor creciente del resto de productos de la colmena, fundamentalmente el polen y el propóleos. Éstos son productos excepcionales que deberían necesariamente ser producidos con elevados niveles de calidad.